ตั้งอยู่ หมู่ที่ ๔ ตำบลหมอกจำแป่ อำเภอเมือง จังหวัดแม่ฮ่องสอน อยู่ห่างจากตัวเมืองแม่ฮ่องสอน ประมาณ ๓๖ กิโลเมตร
" ศูนย์ปางตอง" มีพื้นที่รับผิดชอบ ประมาณ ๕,๔๐๐ ไร่ เปิดดำเนินกิจกรรม ประมาณ ๒,๕๐๐ ไร่ เป็นศูนย์ฯแห่งที่ ๒  ต่อจากศูนย์บริการและพัฒนาลุ่มน้ำปายตามพระราชดำริ (ศูนย์ฯป่าโป่งแดง) ดำเนินกิจกรรมในการส่งเสริมพัฒนาอาชีพให้ราษฎรในหมู่บ้านเป้าหมายที่อยู่ในพื้นที่สูง และบริหารจัดการทรัพยากรธรรมชาติ เป็นศูนย์แห่งการเรียนรู้ด้านการพัฒนา และยังเป็นที่ตั้งของประทับแรม ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว สมเด็จพระนางเจ้าสิริกิติ์พระบรมราชินีนาถ และพระราชวงศ์ได้เสด็จมาประทับพักแรมโดยต่อเนื่อง

ฐานเรียนรู้ต่างๆภายในศูนย์ฯ